Badan Pengatur Jalan Tol mempunyai tugas dan fungsi:

1. merekomendasikan tarif awal dan penyesuaian tarif tol kepada Menteri;
2. melakukan pengambilalihan hak pengusahaan jalan tol yang telah selesai masa konsesinya dan merekomendasikan pengoperasian selanjutnya kepada Menteri;
3. melakukan pengambilalihan hak sementara pengusahaan jalan tol yang gagal dalam pelaksanaan konsesi, untuk kemudian dilelangkan kembali pengusahaannya;
4. melakukan persiapan pengusahaan jalan tol yang meliputi analisa kelayakan finansial, studi kelayakan, dan penyiapan amdal;
5. melakukan pengadaan investasi jalan tol melalui pelelangan secara transparan dan terbuka;
6. membantu proses pelaksanaan pembebasan tanah dalam hal kepastian dana pengadaan tanah;
7. memonitor pelaksanaan perencanaan dan pelaksanaan konstruksi serta pengoperasian dan pemeliharaan jalan tol yang dilakukan Badan Usaha; dan
8. melakukan pengawasan terhadap Badan Usaha atas pelaksanaan seluruh kewajiban perjanjian pengusahaan jalan tol dan melaporkannya secara periodik kepada Menteri.